農家の高齢化が進み、一方で大規模営農への動きが強まっている中、省力的で難防除病害虫・雑草に高活性な農薬への期待は非常に高まっています。JA全農は各地で問題になっている病害虫・雑草の発生動向を把握しながら、新しい農薬の開発を進めています。また、省力的な使用方法の開発や農薬の安全使用技術の開発にも力を入れています。農薬研究室はこのような開発を通じてJAグループが農家組合員に役立ち、国民に信頼される農業生産に貢献することを方針としています。

防除が難しい病害虫・雑草に効果が高く、省力的な使用方法ができる新しい農薬を農薬メーカーと共同で開発しています。
これまでに、水稲除草剤でオキサジクロメホン（MY-100）や、テフリルトリオン（AVH-301）を、水稲殺虫剤でトリフルメゾピリム（ピラキサルト）を開発し、広くご使用いただいています。また、園芸分野では新しい天敵資材であるバンカーシートやジェネリック農薬であるペンコゼブ（有効成分名：マンゼブ）やジェイエース（有効成分名：アセフェート）を開発しました。
2025年には、園芸剤として初めての作用性を示す殺虫剤「フィールドマストフロアブル（有効成分名：ジクロロメゾチアズ）」を開発・上市しました。これからも農家の期待に応えられる新しい農薬を開発していきます。

農薬を使用する際に遵守しなければならない事項があります。これらは作物残留農薬に関係したり、使用者に対して悪影響を及ぼしたりするなどの可能性がある事項です。環境に対する影響も考え、自らデータも作りながら農薬の安全使用を推進しています。

農地の大規模化が進む中で、省力的でより効果的な農薬の使用法は重要性を増しています。JA全農は新農薬の開発を進めるとともに、農薬の効率的な使用法の提案や、病害虫・雑草は抵抗性を獲得する場合があるため、未然に回避する使用方法なども検討していきます。また、スマート農業の取り組みとして、AIを搭載した栽培管理支援システムであるxarvio®FIELD MANAGER（ザルビオ フィールドマネージャー）の機能向上や防除支援等の評価を行っています。

JAグループの農薬基礎講習会である防除指導員養成講習会を1960年代から継続的に開催しています。開催は年6回、受講者数は年間約200名で病害虫・雑草の知識や農薬の基礎知識を1週間で学びます。